在硬盘上，一个簇是磁盘空间最小的划分单位，也是操作系统能寻址访问的最小单位，同时还是一个文件最小的占用空间。 在Windows XP下以NTFS文件系统格式化好的标准硬盘来说，簇的最大默认值是4KB(也就是4096字节)。现在，每拷贝新文件 到硬盘上一次，或从硬盘上每删除旧文件一次，以及每添加内容到已有文件中一次，都会因自己的每一次操作而不断制造出 更多的磁盘碎片。举个例子，当拷贝一个文件到硬盘上时，操作系统会把文件存放在硬盘上的第一个空闲簇中。 如果第一个 簇无法完全存放该文件的全部内容，操作系统会把文件分割成几个部分，在填满了第一个簇后，剩余的部分开始放进下一个 空闲簇里。 如果这第二个空闲簇不是恰好位于第一个之后，那么这个文件就被人为的分割成了几个碎片。
在文件中添加信息时，碎片也往往一起产生。如果原文件因为添加内容而超过了原始簇的大小，操作系统将不得不把超出的 部分填入下一个空闲簇。 如果这个空闲簇凑巧又没有位于原始簇之后，那么文件就又一次被分割为碎片了。此外，每一次从 硬盘中删掉文件都会造成大量的簇重新可用，而这些原本就不连续的簇又大大的增加了新文件被碎片化的可能——除非被删 除的文件事先已经被清理过文件碎片。时间愈久，忽视文件碎片带来的问题就愈大。文件碎片的四处扩散，迫使硬盘的读写 更加频繁。定位和读取数据，读写移动的次数越多，读取文件所花费的时间越久，硬盘性能因此受损愈大。有时情况会变得 更糟，文件碎片会导致整体性能的大幅滑坡，延长启动时间，随机产生的系统崩溃，以及不明原因的系统死机。实际上，碎片问题极端严重的一块硬盘，甚至会出现系统根本无法正常启动的情况。
磁盘碎片整理
目前最常见的磁盘碎片整理程序，是由Execuitive软件公司授权，包含在Windows 2000和Windows XP系统中，设计用于整理 硬盘，将文件的内容碎片收集到一起，并将他们存放在硬盘起始位置的连续簇中。在这个过程中，磁盘碎片整理将所有的可 用簇朝磁盘尾部迁移。一旦磁盘碎片清理结束，所有的文件内容都将被存放在连续的簇里，存取文件时，读写移动的距离大大减少，磁盘性能也就因此得到了提升。
尽管磁盘碎片整理的确可以提升性能，但是不得不手动的去执行它——必须每过一段时间就要想起来去运行一下才行。当然 ，很明显的一个解决办法就是使用日程计划程序，安排磁盘清理程序自动运行。但是，磁盘碎片整理程序并非是被设计成自 动执行的。实际上，这个磁盘碎片整理程序是一个性能缩水的Diskeeper软件，根据日程计划自动执行的功能并未包含在该版 本里；如果想使用该功能，只能购买完全版的Diskeeper软件，里面提供有智能日程安排技术，可以根据使用硬盘的习惯来制 定完全自动的磁盘整理计划。
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