在正常使用计算机的时候，有可能使用磁盘复制文件或者是浏览网页而感染木马程序与病毒，如果这些程序需要在启动Windows时候就自动运行，那么就必须要更改注册表或者相关的启动文件。只要RegRun驻留在系统后台，这些程序就没有下手的机会了。因为RegRun会始终对这些重要的启动文件进行实时监测，一旦遇到企图修改的情况，它会立即中止正常的操作，并以弹出窗口的形势引起你的注意。此时可以判断是否属于安装超级解霸、病毒防火墙等软件必须在开机运行的程序，确认之后点击下部的“那是正常的”允许修改，或者通过“改回来”禁止此次的修改，这样就能够防止木马和病毒软件驻留在系统启动程序中了。
3. 安全启动
大家都知道Windows 9x启动实际上是先运行Dos内核，然后在其基础上运行Windows程序。为了确保系统的安全，RegRun的安全启动功能可以从DOS开始就监测所有启动选项的变化。激活这项功能只要在【安全启动】标签下选取“在DOS平台中运行”命令即可。以后每次启动计算机的时候，RegRun都会在DOS加载完成后立即对所有的程序进行监测，这除了上述提及的各种启动引导文件之外，连注册表的相关键值都不放过，一旦程序检测到这些启动程序被更改，它还会弹出编辑窗口供你修改确认。因此RegRun的这种运行模式可以在Windows启动之前进行监测，将有可能威胁到系统安全的木马、病毒及时查找出来，让它们无法潜伏在Windows中运行。
4. 定制不同模式启动选项
当Windows使用时间长了之后，速度肯定是会下降的，但开机时间长则是由于加载了过多的程序所致。比如在不上网、不安装软件的时候也许就不需要驻留防火墙，而上网冲浪的时候也不需要超级解霸的光碟伺服器运行在后台，所以我们可以利用RegRun的启动注册表备份功能来定制不同模式的启动选项。
比如我们操作计算机时候主要分为上网冲浪和游戏两种用途，就可以分别定制两种类型的注册表启动文件。首先在RegRun的主窗口中先进入【注册表】标签，将病毒防火墙、MSN、OICQ等不需要的选项删除，接着运行“文件->预设文件保存为”命令将其保存为名称是“游戏”的文件；然后将这些删除的程序恢复，并将虚拟光驱、超级解霸光碟伺服器等不需要的选项删除，再将其保存为名称是“网络”的文件。（如图5）
图 5
这样当我们需要上网冲浪的时候，只要进入RegRun安装目录并双击“网络”文件，此时RegRun会自动弹出恢复预设文件窗口，点击“确定”按键并根据提示重新启动计算机就可以在没有虚拟光驱、超级解霸伺服器的环境下上网冲浪；同样载入“游戏”文件也能够去除一些不需要驻留内存的程序，加快游戏的速度。
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