主引导扇区位于硬盘的首部，负责搜索硬盘可以启动的分区，对于DOS来说，它是由Fdisk生成的；而系统引导扇区位于每个分区的首部，用来引导本分区相应的操作系统，它是由sys命令负责的。
其次来说说系统的启动：
一般来说，Win98的启动是由5个文件负责的：io.sys，msdos.sys，command.com，autoexec.bat和config.sys。
而Win2000和WinXP的启动是由Ntldr和Ntdetect两个文件负责。
Win98和Win2000/WinXP双系统启动的时候就比较复杂，是由OS Loaer来引导启动，用户可以选择启动哪个系统，若用户选择了启动Win2000/WinXP，那么就装载Ntldr和Ntdetect两个文件启动到Win2000/WinXP下；如果用户选择启动Win98，那么就装载Bootsect.dos这个文件，Bootsect.dos文件其实就是Win98引导扇区的镜像。
这里顺便说一句：Win2000和WinXP里都有 Ntldr和Ntdetect两个文件，但是却是不同的，如果你的双系统里缺少这两个文件，你可以从Win2000或WinXP安装盘里的I386目录下拷贝。如果是Win2000的话，可以采用Win2000或WinXP的都行；如果是WinXP的话，必须采用WinXP光盘里的，用Win2000盘里的这两个文件是不能引导WinXP的，这一点在安装包含Win2000和WinXP在内的多系统里表现得尤为明显，比如你重装了Win2000以后，照样无法启动WinXP，原因就是你用Win2000的Ntldr和Ntdetec这两个文件覆盖了WinXP的Ntldr和Ntdetec这两个文件。因此一定要注意！
再次来说说Windows的多操作系统引导管理工具：OS Loader。每一种多操作系统引导管理工具都有所不同，比如BootMagic和System Commander是常驻于MBR的；而OS Loader
则是常驻于系统引导扇区的；而Linux的多系统引导工具LILO或GRUB既可位于MBR，也可位于系统引导扇区。
以上是一些理论知识，既然都说清楚了，下面进入理论分析阶段，看看格式化C盘重新安装Win98后，为什么不能双启动了：
其实原因很简单，当你把C盘重新安装Win98后，你的C盘中比以前少了四个文件，分别是：Ntldr， Ntdetec，Bootsect.dos和boot.ini（多系统启动的配置文件）。但是在重装之前仅仅备份这四个文件，重装之后再拷贝回来，同样是不能实现双启动的！原因在于你的C盘的系统引导扇区已经被Win98给覆盖了：它将以前的由OS Loader控制的系统引导扇区变成了Win98的系统引导扇区，因此尽管你拷贝回了那四个文件，因为引导扇区依然没有恢复成双启动时的样子，所以你依然不能实现双启动。
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